El Paisaje Bahuaja Sonene – Tambopata contiene alrededor del 20% de las especies de Perú, y la Reserva Nacional Tambopata alberga más de 600 especies de aves, más 180 especies de mamíferos, más de 1 200 especies de mariposas, y protege el lobo de río (Pteronura brasiliensis) en peligro de extinción, la vulnerable taricaya (Podocnemis unifilis), así como una variedad de especies endémicas como el ciervo de los pantanos (Blastocerus dichotomus) y el lobo de crin (Chrysocyon brachyurus) en la sabana. Debido a su ubicación, ambas áreas protegidas tienen una importancia crítica en la protección de los recursos hídricos que fluyen desde las zonas de captación en las tierras altas de los Andes hacia la cuenca amazónica.